至尊宗喀巴大师传的详细目录和章节如下：
第一章说明写作此传记的原因
第一章说明写作此传记的原因
第二章 此传记的正文
第二章此传记的正文
第一节：识别显密经教中许多悬记的根据，即幻化事由等；
第二节：就共通的现象，略述（宗喀巴大师）往昔转生中的史迹和未来情况；
第三节：特别详述（宗喀巴大师）此生的史事。
第一节识别显密经教中许多悬记的根据，即幻化事由等
第二节 就共通的现象，略说（宗喀巴大师）往昔转生中的史迹和未来情况
第二节就共通的现象，略说（宗喀巴大师）往昔转生中的史迹和未来情况
第三节 特别详述宗喀巴大师此生的史事
第三节特别详述宗喀巴大师此生的史事
第一卷中：有开示遍主金刚持密宗道次第所有要义的上集十章和上三部灌顶及后加支分等。
第二卷中：有续第一卷帙未完部分的第十一章、开示结合二次第当修菩提、密集修法清净瑜伽次第、深明灌顶之义、圆满次第五次第圆满座之直观导修法、往生合修之教授秘诀、五次第摄要、释续金刚鬘之记录等。
第三卷中：有显明密集之要义、金刚念诵、现证菩提、自我加持、无上密意笔录、二十种仪轨之根源、道中学习法、开示难义要扼颂、智慧金刚集广解、释续联贯法等。
第四卷中：有明灯论之释注等。
第五卷中：有辨析大宝苗、解说摄义、阐明真实性合解、二十一小注及零散篇、依照基本仪轨舞蹈鬘的密意及密集第一品释论的笔录、文殊金刚曼荼罗仪轨、成就法文殊密意显明论等。
第六卷中：有密集教授五次第明灯论、二次第修法之语教笔录等。
第八卷中：有胜乐略续解说隐义普隐论、五次第解说隐义开眼论、曼荼罗仪轨及圆满次第大瑜伽导释次第略论、鲁哼巴传规曼荼罗仪轨、此传规的修法大乐显明论等。
第九卷中：有胜乐现证解说如意牛、圆满次第悉地穗、外供仪轨笔录、供鬘和执铃派传规之修法、念诵仪轨次第、身曼荼罗、仪轨宝库、五次第指导、金刚空行解说笔录、初十日供养法、教授花穗类、无畏释论等之笔录。
第十二卷中：有事师五十颂注疏、密行悉地穗、上二部戒律还净法、根本智论释智理海、*指导、庄严论之笔录等。
第十三卷中：有入中论释密意显明论、庄严论备忘录、六十理论、智慧品诸义笔录、应成与自续两派之差别、二谛、八种难义扼要笔录等。
第十四卷中：有现观庄严论释金鬘论中第一品三种解说。
第十五卷中：有后五品的解说、菩提心戒解说、菩提正道等。
第十六卷中：有菩提道次第广论中的下、中两士共通道次中菩萨行修学法及止观诸品等。
第十七卷中：有菩提道次第略论、上士之类别、辨了不了义嘉言心要、二十僧伽、心性普贤释等。
第十八卷中：有集学论笔录、因明备忘广录、现实历算备忘录及注释、海戒略要及注释、训诲教言朗哲顶玛详略两种、戒律论、圆净事（即基）三种仪轨别解脱取舍略论、闻法笔录片段、度量细观明镜、书函两件、著作拾零等。
第三章 以回向和发清净愿而作结束
第三章以回向和发清净愿而作结束
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